Với chiều dài bờ biển 102 km, 7 cửa lạch lớn và vùng biển có diện tích lên tới 23.000 km2 , hệ thống sông ngòi đa dạng đã tạo cho Thanh Hoá có trữ lượng thuỷ sản khá dồi dào, ước tính khoảng 100.000 - 120.000 tấn thủy hải sản. Đây là điều kiện thuận lợi cho nguồn lợi thủy sản phát triển, tạo sinh kế cho nhiều người dân làm nghề khai thác thủy sản trên địa bàn toàn tỉnh.
Tuy nhiên, những năm gần đây do một bộ phận người dân vùng nước ngọt và ngư dân vùng ven biển vì lợi ích trước mắt, đã bỏ qua mọi sự cảnh báo, sử dụng các phương pháp khai thác mang tính huỷ diệt như kích điện, thuốc nổ, sử dụng ngư cụ có kích thước mắt lưới nhỏ, khai thác theo kiểu tận thu làm suy giảm, kiệt quệ nguồn lợi thuỷ sản, huỷ hoại môi trường sống và hệ sinh thái của các thủy vực. Một số loài thuỷ sản quý hiếm có nguy cơ biến mất khỏi vùng biển Thanh Hoá.
Trong thời gian qua, Chi cục khai thác và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản Thanh Hoá đã triển khai nhiều hoạt động nhằm bảo vệ và tái tạo nguồn lợi thuỷ sản. Bên cạnh việc tuyên truyền nâng cao ý thức của người dân trong việc chấp hành đúng quy định của nhà nước về khai thác thuỷ sản, Chi cục còn tổ chức nhiều đợt ra quân tuần tra, kiểm soát và xử lý vi phạm trong lĩnh vực này. Đặc biệt, để nguồn lợi thuỷ sản tái tạo và phát triển, Chi cục khai thác và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản còn xây dựng kế hoạch tổ chức thả giống thuỷ sản xuống các vùng nước tự nhiên, nhằm phục hồi và phát triển nguồn lợi; nâng cao nhận thức và ý thức cho ngư dân, cộng đồng dân cư trong việc bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản, đồng thời khai thác một cách hiệu quả, phát triển bền vững nguồn lợi thủy sản; góp phần ổn định và tăng thu nhập cho người dân làm nghề khai thác thuỷ sản:
Từ năm 2008 đến nay, ở thuỷ vực nước ngọt đã có hơn 40.000 kg giống cá truyền thống mè, trôi, trắm chép được Chi cục khai thác và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản thả xuống các sông, hồ lớn nhỏ trong tỉnh, đặc biệt một số loài cá bản địa có giá trị kinh tế cao như cá Chiên, cá Lăng cũng được thả giống tái tạo, nhờ nguồn cá giống lớn này cộng thêm với công tác tuyên truyền bảo vệ nên đã tạo sinh kế cho hàng ngàn hộ dân sinh sống quanh các sông, hồ.
Tại khu vực Nghè Yên Vực, phường Tào Xuyên; UBND TP Thanh Hóa. Đã 10 năm nay năm nào Chi cục khai thác và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản Thanh Hoá cũng phối hợp với UBND Thành phố, tổ chức thả cá giống tái tạo và phát triển nguồn lợi thủy sản trên lưu vực sông Mã, việc làm này đã được người dân sống ven sông Mã khẳng định không chỉ tạo sinh kế cho bà con mà còn góp phần tạo môi trường sinh thái ,bảo vệ cảnh quan môi trường và hệ sinh thái thủy sinh vật, phục hồi và tái tạo nguồn lợi thủy sản tự nhiên ở các thủy vực trên địa bàn tỉnh chính vì thế bà con rất tích cực cùng với chính quyền địa phương chung tay bảo vệ nguồn lợi thủy sản.
Đối với vùng ven biển. Trước kia những khu vực như Hòn Nẹ, Hậu lộc, Nga Sơn là những bãi đẻ lý tưởng cho các loài thuỷ sản. Tuy nhiên do tình trạng khai thác quá mức, cộng với việc phá vỡ môi trường, khiến cho nhiều nguồn lợi thuỷ sản quý ngày càng suy kiệt. Nhằm tái tạo nguồn lợi thuỷ sản cho vùng ven biển, từ năm 2013 đến nay, Chi cục khai thác và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản đã thả hàng triệu con tôm sú và cua xanh giống xuống các khu vực xung quanh khu vực Hòn Nẹ, Hòn Mê, những vùng biển có hệ sinh thái đa dạng và phong phú. Việc làm này có ý nghĩa tăng thêm nguồn lợi cho nơi này và tạo ra môi trường sống, thu hút các loài thuỷ sản trở về trú ngụ, sinh sản.
Thả tôm, cá giống tái tạo nguồn lợi thủy sản là hoạt động thiết thực và có ý nghĩa được Chi cục Thủy sản tổ chức hàng năm vào dịp kỷ niệm ngày truyền thống ngành Thủy sản Việt Nam nhằm thể hiện trách nhiệm của tổ chức, cá nhân cùng chung tay bảo vệ, bảo tồn, tái tạo nguồn lợi thủy sản. Đồng thời, hoạt động còn có ý nghĩa tuyên truyền, vận động người dân hạn chế các hoạt động tiêu cực tới thiên nhiên, làm biến đổi môi trường, ảnh hưởng đến hệ sinh thái, nhất là việc khai thác thủy sản bằng xung điện, sử dụng chất nổ… làm cho nguồn lợi thủy sản ngày càng suy giảm. Những năm gần đây với sự vào cuộc quyết liệt của cả hệ thống chính trị, công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản tại tỉnh đạt được những kết quả rất đáng ghi nhận. Nhận thức của người dân, nhất là ngư dân ven biển về bảo vệ nguồn lợi thủy sản và môi trường sinh thái đã được nâng lên. Nhờ vậy, tình trạng sử dụng các ngư cụ cấm, ngư cụ khai thác mang tính tận diệt nguồn lợi thủy sản từng bước được kiểm soát, ngăn chặn. Kết quả đã ghi nhận gần rất nhiều loài thủy sản có giá trị đã xuất hiện trở lại ở vùng biển Thanh Hóa từ đó giúp sản lượng khai thác trung bình và thu nhập của ngư dân được tăng lên, người dân địa phương có ý thức hơn trong khai thác đi đôi với bảo vệ nguồn lợi thủy sản.
Nguồn lợi thuỷ sản không phải là vô tận, chính vì vậy khai thác cần đi đôi với bảo vệ và tái tạo. Nếu mỗi người dân đều có ý thức trong việc chấp hành luật khai thác thuỷ sản và cùng với các cấp các ngành làm tốt công tác bảo vệ tái tạo nguồn lợi thuỷ sản thì không chỉ mang lại lợi ích to lớn cho mình mà còn góp phần mang lại giá trị bền vững cho cộng đồng, con cháu mai sau.