Trong mùa mưa lũ, nuôi trồng thủy sản gặp rất nhiều khó khăn, bên cạnh những rủi do, thất thoát do mưa lũ gây ra, hiện tượng xuất hiện bệnh ở động vật thủy sản thường xuyên xuất hiện, nguyên nhân chính do môi trường ao nuôi biến động, biên độ giao động nhiệt độ hàng tuần, hàng ngày rất lớn, trong khi đó động vật thủy sản là động vật bậc thấp, biến nhiệt, thân nhiệt thay đổi theo môi trường, do vậy rất dễ xảy ra dịch bệnh, đặc biệt là bệnh xuất huyết, đốm đỏ ở cá trắm cỏ và bệnh đốm trắng, đen mang ở tôm sú, tôm thẻ chân trắng. Để ngăn ngừa và hạn chế những rủi do, thiệt hại bà con cần làm tốt những vấn đề sau:
+ Đối với Nuôi trồng thủy sản nước ngọt: Tập trung gia cố bờ, cống ao nuôi, chủ động điều tiết nước trong ao, thu hoạch toàn bộ hoặc thu tỉa sản phẩm thủy sản thương phẩm đạt kích cỡ thương mại, quản lý tốt các yếu tố môi trường ao nuôi, đặc biệt duy trì và ổn định độ PH trong ao nuôi, tiêu độc khử trùng bằng vôi bột 2 –3kg/100 m3, phòng bệnh cho động vật thủy sản, nhất là cá Trắm cỏ bằng VICATO khử trùng cách 10 ngày xử lý 1 lần với nồng độ 0,3 – 0,5 g/m3 để tiêu diệt và hạn chế mầm bệnh phát sinh trong khi nuôi, phòng chống dịch bệnh bùng phát và lây lan. Ngoài ra cần sử dụng các loại chế phẩm vi sinh, một số sản phẩm được phép sử dụng trong nuôi trồng thủy sản tạo môi trường ổn định; tăng cường chăm sóc nuôi dưỡng nâng cao sức đề kháng; kích thích sự phát triển của động vật thủy sản.
+ Đối với nuôi trồng thủy sản nước mặn lợ: Tập trung thu hoạch tôm, cua, cá ... vvv đã đến cỡ thu hoạch trước mùa mưa bão, những vùng an toàn, chưa đến cỡ thu hoạch tăng cường quản lý các chỉ tiêu môi trường, thường xuyên theo rõi các chỉ tiêu độ mặn, PH, độ kiềm hàng ngày, nhất là sau cơn mưa để có các biện pháp kỹ thuật quản lý môi trường ao nuôi phù hợp, giữ độ mặn cho ao đầm nuôi. Ao nuôi tôm thẻ chân trắng, tôm sú, cua xanh... sử dụng vôi công nghiệp Dolomit, bột đá vôi 500 – 700 kg/ha để nâng cao và ổn định độ PH. Trong mùa mưa lũ, để tiêu diệt và hạn chế mầm bệnh phát sinh trong khi nuôi, phòng chống dịch bệnh bùng phát và lây lan cách 10 ngày/1 lần hoặc sau khi mưa xử lý ao nuôi bằng VICATO khử trùng với nồng độ 0,3 – 0,5 g/m3. Treo 3 - 4 túi vôi bột 15 – 20 kg/túi ở đầu cống cấp nước mỗi khi lấy nước vào ao để ngăn ngừa và tiêu diệt mầm bệnh bên ngoài vào ao nuôi. Tranh thủ độ mặn ao nuôi thấp, thả xen ghép, luân canh cá rô phi đơn tính hoặc một số loài cá ăn mùn bã hữu cơ như: Cá đối cửa sông, cá đối mục... Mật độ 0,1- 0,2 con/m2 tuỳ thuộc vào lượng mùn bã hữu cơ của từng đáy ao, cỡ cá giống cấp II 5-7 cm, để cải thiện môi trường ao nuôi và tăng thu nhập. Chuẩn bị các điều kiện để nuôi cua, trồng rau câu vụ hè thu.